A terceira temporada de Bob Esponja Calça Quadrada estreou em 5 de Outubro de 2001, com os episodios "Só uma Mordida" e "O Incômodo." A temporada terminou em 11 de Outubro, 2004 com "Bob Esponja Encontra o Estrangulador" e "Brincadeiras aos Montes." O DVD da temporada foi lançado nas Regiões 1, 4 e 2 em 27 de Setembro de 2004, 8 de Novembro de 2007 e em 3 de Dezembro de 2007 respectivamente. Após o final da terceira temporada, a série entrou em um hiato que iria durar mais de seis meses. Durante o hiato, Bob Esponja o Filme entrou nos cinemas.
Episódios
Algas Cada Vez Mais Verdes/Salva-Vidas Bob Em Serviço
Clube do Bob Esponja/O Meu Belo Cavalo-Marinho
O Hambúrguer Perigoso/A Caixa Idiota
O Homem Sereia e o Mexilhãozinho IV/Criando Tempo
Efeito Bola De Neve/O Lixo Do Caranguejo
Como Na Tv/Dá Para Economizar Uma Moeda?
Não Pode Entrar Pirralho?/O Retorno Do Squilliam
Siri Borg/Nana Neném Conchinha
Pintores Molhados/Vídeo de Treinamento do Siri Cascudo
Chocolate Com Nozes/O Homem Sereia e o Mexilhãozinho V
Aluno Novo, Estrela do Mar/Mexilhões
A Grande Corrida Dos Caracóis/Crustáceo De Meia Idade
Siriguejo Nasce de Novo/Sofri Um Acidente
Sirilândia/O Episódio Do Acampamento
Identidade Perdida/O Exército Do Plankton
Bob Esponja Encontra o Estrangulador/Brincadeiras Aos Montes
